Une année d'actions dans SEDRE

par Laurent Pierron

Présentation des actions menées dans l'année 2002.

Introduction

Une année d'actions dans SEDRE

par

Laurent Pierron

Lundi 04 novembre 2002

3 actions

Action plateforme Bio-Informatique

Action formation

Action développement

Bioinformatique

Action plateforme bio-informatique

Boîte à outils GCG

Pour rechercher, comparer, transformer des séquences d'ADN (textes composés des 4 lettres ATGC) et leurs variantes ARN et protéines.

Wisconsin Package : Blast, Fasta, Gap, plus de 100 commandes Unix

Base de données : GenBank, EMBL, PFam, etc.

Seqweb: interface Web

Compléments locaux

Loria : GRAPPE, MREPS, XMAP

Autres : JalView, Artemis

Action plateforme bio-informatique

Actions

Installation, paramétrage de GCG et SeqWeb

Assistance utilisateurs SeqWeb : 42

Intégration composants locaux

Compétences mises en oeuvre

Administration Unix et serveur Web/Apache

Programmation : sh, Perl, HTML

Perspectives bio-informatique

Réorganisation répertoires GCG => meilleure intégration outils locaux

Mise à jour régulière des bases de données via FTP

Intégration XmapAuto et XmapDB nouvelles versions

Portail Bio-Informatique en Lorraine : en cours de construction sous Zope

Intégration GCG + biopython + bioperl

Mise en place client-serveur pour interrogation des bases de données

Formation

Action formation

Objectifs des formations

Démystifier la programmation, en montrant qu'il est possible de réaliser rapidement des outils logiciels adaptés à ses besoins propres en réutilisant des composants existants et des langages de haut niveau.

Cours sur les langages de scripts

Initiation comparative à Perl, Tcl et Python : quand, comment et pourquoi utiliser ces langages ?

Construction d'interface utilisateur en Tk avec Perl, Tcl, et Python

Journée QSL : assemblage de composants avec les langages de scripts.

Perspectives formation

Orienter plus la formation vers les biologistes

Utilisation des outils Unix pour manipuler des fichiers de séquence : grep, sed, diff, xargs, etc.

Initiation à BioPython et BioPerl

Journée QSL sur les Bio[XML, Perl, Python, Java] ??

Pour [bio]informaticiens : Intégrer des composants C, C++, Java, .COM, .NET à Python

Developpement

Action développement

axe bio-informatique : XmapDB

Interface d'enregistrement de documents XML dans une base de données relationnelle pour effectuer des analyses statistiques des informations.

axe bio-informatique : PpreLoc

Recherche de motifs dans les gènes.

service commun : phpMyConferences

Outil intuitif de gestion de conférences via un navigateur Web.

XmapDB

Interface d'enregistrement de documents XML dans une base de données relationnelle pour effectuer des analyses des données.

Demandeurs : M.-D. Devignes et M. Smaïl, équipe LED.

Reprise prototype Java. Création BD.

Outil générique de conversion XML vers SQL.

Interface utilisateur Web d'interrogation de la base de données.

Compétences mises en oeuvre

Développement : Python/Spyce (php-like), Java, SQL, HTML, XML, XSLT, XPATH

Base de données : PostgreSQL

PpreLoc

Recherche de motifs dans les gènes.

Demandeur : Marie-Dominique Devignes, équipe LED.

Développement d'un outil paramétrable de recherches de motifs de séquences d'ADN (PPREs) dans des gènes.

Adaptation et rectification d'un outil préexistant (PpreFinder) développé par un stagiaire.

Compétences mises en oeuvre

Développement : Python, Java, sh

phpMyConferences

Outil intuitif de gestion de conférences via un navigateur Web.

Demandeur : Gérome Canals, équipe ECOO.

Ajout de la fonctionnalité de création de listes personnalisées.

Compétences mises en oeuvre

Développement : PHP, HTML, SQL

Base de données : MySQL

Autres : gestion de versions sous ToxicFarm

Perspectives développement

Axe bio-informatique

Interface utilisateur Web de XmapDB (en cours)

Maintenance XmapAuto et XmapDB

Consolidation et intégration PpreLoc à PpreFinder

Service commun

Maintenance évolutive phpMyConferences

Evolution tout-XML du classeur RaWeb

Colophon

MERCI de votre attention !